El origen de esta
población es desconocido al igual que el de los otros pueblos mixes ya que se
tiene registrados muy pocos datos acerca de la historia de ésta comunidad, los
investigadores suponen que fueron uno de los últimos pueblos en llegar a la
región mixe, por lo que es considerado un pueblo joven.Existe una teoría del
origen de esta localidad que relata la llegada de migrantes provenientes del
Estado de Guanajuato que se asentaron en este lugar, en ese entonces esta zona
pertenecía a la comunidad de Santiago Amatepec que tenían como vecinos y
antiguos enemigos a los chinantecos que habitaban en territorio de San Juan Comaltepec
con quienes llevaban varios años de enfrentamientos por la dominación de este
territorio misma que termina con la llegada de Ignacio Franco, un licenciado en
derecho, quien sostuvo una plática con el entonces gobernante de Amatepec este
le propuso otorgarle el territorio del actual Chinantequilla (el cual estaba en
disputa)si le ayudaba a recuperarlo, hecho que tras una demanda que duro
aproximadamente un año en dictaminarse resolviendo favorablemente la petición
de Santiago Amatepec finalmente el 13 de mayo de 1913 le fue otorgada un acta a Ignacio Franco en la cual se le
cedía el territorio de lo que hoy se le
conoce como San José Chinantequilla con fecha 25 de junio de 1920.
